Madrasah Aliyah Negeri Weda selanjutnya disingkat ( MAN )  didirikan oleh   Yayasan Pendidikan Penyedar Islam bersama tokoh masyarakat Weda pada tanggal 15 Juni 1991 dan terdaftar sebagai Madrasah Aliyah Swasta (MAS) berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Nomor K.W.100/B/SWT/1991, tanggal 15 Mei 1991. Pendirinya adalah: Bapak Mujuddin Samad ( Tokoh Pendidikan ). Pimpinan Madrasah Aliyah Swasta (MAS) setelah didirikan adalah Kepala Madrasah Aliyah Swasta (MAS) pertama adalah Abubakar Husain, S.Ag (1991-1992), Kepala Madrasah Aliyah Swasta (MAS) kedua Hi. Coda F Adam,BA (1992-1999), Kepala Madrasah Aliyah Swasta (MAS) ketiga adalah Drs. Lasamida Kurupunda (1999-2004), Kepala Madrasah Aliyah Swasta (MAS) ke empat Masyikur Thalib, S.Ag ( 2004-2005 ), Kepala Madrasah Aliyah Swasta (MAS) ke lima Abdullatif Umar, S.Pd (2005-2010) dan Kepala Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Weda ke enam Salmin Hi. Ahmad, S.Ag. M. Pd. I (201 - 2013) dan Dr. Lasamida kurupunda, M.Pd (2013- …..). Sejalan dengan pengembangan Propinsi Maluku Utara, dan berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 49 Tahun 2009 tanggal 6 Maret 2009 tentang organisasi dan tata kerja madrasah, Madrasah Aliyah Swasta (MAS) berubah status menjadi Madrasah Aliyah Negeri.  Madrasah Aliyah Negeri Weda Kabupaten Halmahera Tengah membina 1 Madrasah Aliyah Swasta yakni MAS Patani. Madrasah Aliyah Negeri Weda Kabupaten Halmahera Tengah saat ini membina dua jurusan yaitu: Jurusan IPA, Jurusan IPS. Saat ini ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK) telah menjamah ke seluruh dimensi kehidupan manusia di seluruh pelosok dunia. Revolusi IPTEK telah membawa implikasi terhadap kehidupan manusia yaitu menghadapkan kita pada situasi global. Pada situasi inilah bangsa Indonesia menghadapi berbagai tantangan dan permasalahan. Salah satu diantaranya adalah mutu sumber daya manusia. Peningkatan sumber daya manusia merupakan misi dalam pengelolaan, pelaksanaan pendidikan di madrasah, sehingga mutu pendidikan kita tidak kalah bersaing dengan negara-negara lain. Dengan demikian peningkatan mutu sumber daya manusia tidak lepas dari pendidikan. Untuk itulah dalam mengelola pendidikan perlu memperhatikan mutu dan daya saing dalam menghadapi situasi global ini.

Untuk mengembangkan dan mendukung hal tersebut, Madrasah Aliyah Negeri 1 Halmahera Tengah dalam inovasinya dan pelayanan pembelajaran memperhatikan keperbedaan tingkat kemampuan kecerdasan dan perkembangan psikologi, sehingga berbeda pula dalam teknik pelayanannya, maka disajikan pelayanan prima yang mewadahi siswa dengan kecerdasan di atas rata-rata. Layanan kelas reguleryang mewadahi siswa dengan kecerdasan rata-rata. Dengan adanya layanan tersebut, maka terjadilah kompetisi yang sehat untuk masing-masing layanan dan menghasilkan pembelajaran yang efektif.

Di samping itu sumber daya manusia (pendidik) yang ada harus mampu mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi dengan meningkatkan kualitas pengetahuannya, pendidikan yang sesuai standar, dan mengikuti pelatihan-pelatihan dan mampu membaca Alquran, memahami bahkan bisa berbahasa arab dan bahasa Inggris, sehingga pendidik mampu melayani, layanan kelas yang ada untuk menjadi bentuk pelayanan pendidikan yang ideal, dimana pelayanan pendidikan anak dilakukan secara menyeluruh baik intelektual, emosional dan spiritualnya. Fasilitas yang dimiliki dan yang harus dipersiapkan hendaknya dapat mendukung pengembangan semua potensi anak secara utuh dan menyeluruh. antara lain untuk pengembangan social skill, Academic skill, Tinking skill dan vokasional skill.